Zgodnie z Rozporządzeniem Ministra Finansów z dnia 26 sierpnia 2003 r. w sprawie prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów, prowadząc KPiR w formie elektronicznej, podatnik powinienem posiadać szczegółową instrukcję obsługi programu komputerowego wykorzystywanego do prowadzenia ksiąg. Instrukcja ta jest wymagana w przypadku, gdy podatnik nie chce drukować KPiR, a jedynie przechowywać ją elektronicznie. Portal e-Księgowość nie umożliwia takiej opcji, każdy użytkownik zobowiązany jest do zarchiwizowania danych wymaganych przepisami samodzielnie.